高龍寺は、推古天皇5年（西暦597年）に聖徳太子の勅願により伊予国司の小千勝海によって創建されました。
太子は前年に、松山の道後からの帰路、来島海峡で時化にあい、あわや沈没の危機に瀕しましたが波の間から亀にのった千手観世音が現れ、船を入り江に導いたことで難を逃れました。そのご恩に感謝し、「大亀山慈眼堂船守院龍慶寺（現在の高龍寺）」を建立したと伝えられています。

　その後、河野一族や村上海賊の祈願寺として大切に守られ、中世には「亀老山潜龍窟船玉院宗豪寺」と改称し亀老山中腹に壮大な伽藍を持ち、末寺が七十二ヶ寺にもなる大寺であったと伝わっています。しかし、戦乱の世で幾度も火事にあい、本尊の千手観世音菩薩のみ受け継がれてきました。

元々は亀老山の中腹にありましたが、麓である現在の場所には慶長15年（1610年）に移ってきたと言われています。

現在は島四国霊場33番札所、せとうち七福神霊場布袋尊祈願所として地域に愛される寺院として信仰を受け継いでいます。